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当拿破仑于1799年10月从埃及返回法国时，他发现国内政治局势和行政管理一片混乱。五名督政官的统治业已证明是腐败无能的。他们当中最能干的勒贝尔已于5月被诡计多端反复无常的政治阴谋家，西哀耶斯神父(1748-1836)所替代。军事形势则更令人震惊。尽管马塞纳在瑞士曾使法国免遭入侵，然而意大利军团，这个三年前在拿破仑的领导下还是攻必克，战必胜的军团，在夏季却一次次败在奥俄联军手下，其官兵现已蜕变成了一群饥辘辘的暴徒。拿破仑一度征服的意大利领土如今几乎丧失殆尽。国家必须进行一次革命性的变革，这个时机已经成熟，而且只有这种变革才能导致行政和财政的稳定，进而确保国家的军事安全。
西哀耶斯、塔列朗和富歇这三个精明的政客都有教会的背景，他们是策划政变的中心人物。为了保证政变成功就需要一位强有力的军事领袖作后盾，因此，拿破仑便成了他们的天然盟友。拿破仑返回法国刚一个月，两个立法机构就迁至圣克卢开会。会议地点之所以作这样的变更，据说是因为巴黎存在恐怖分子的可怕阴谋的缘故。拿破仑的弟弟吕西安当时正好是谘议院议长，这就为政变提供了方便。五名督政官中已有三名辞职(西哀耶斯、迪科和巴拉斯)，这就使剩下的两位丧失了法定的权威。于是元老院指定拿破仑、西哀耶斯和迪科为临时执政以行使政府的权力。这一变更在谘议院遭到了强烈的反对，拿破仑便闯进会议厅赤裸裸地以挑衅性的方式对议员们大加训斥。议员们要求剥夺拿破仑的公民权并予以逮捕，但是吕西安为了保护其兄免遭“暗算”从外面召来了部队从而挽救了局势。部队以克伦威尔的方式廓清了议会。这就是所谓的“雾月(1)政变”。
在升任执政之后，拿破仑的头一件事就是谋求军队的支持。他立即向军队颁布了一个公告：
军人们，元老院遵照宪法第102条和第103条所颁布的特别法令授权我管辖本城并指挥陆军。
两年来，共和国治理得一团糟，你们希望我回来结束这种种不幸。……自由、胜利与和平将使法国重新获得它以前在欧州所占有的地位，而这一地位仅仅是因为奸诈和无能才丧失掉的。共和国万岁！
第二天，他任命贝尔蒂埃为陆军部长，这样他就把军事大权揽到了自己的手中。一月之后，新的“共和八年宪法”问世了，而西哀耶斯和迪科却悄悄地从执政中除了名。拿破仑堂而皇之地当上了第一执政，第二和第三执政分别是康巴塞雷斯和勒布伦。尽管名义上不是，然而这事实上是授予了拿破仑独裁的权力。他迅即着手整理国内事务，并为推行行政改革而不停地工作着。不过，他真正关注的还是威胁着共和国安全的外部危险，即奥地利、英国、俄国、西西里和土耳其所组成的第二次反法大同盟。
他的第一步，是着眼于恢复对奥地利的攻势，重整东部边境的军队。为此，他于11月24日颁令，把马塞纳从瑞士调去指挥意大利军团，将莱茵和多瑙河两个军团合并为一个新的莱茵军团交由莫罗指挥。
紧接着，他又跨入了外交政策领域。在圣诞节那天，他不顾外交惯例，向英王乔治三世和奥皇弗朗西斯送交了私人信函，认为以现状为基础，和平解决一切争端的时机已经成熟。他暗示奥军要按坎波-福米奥条约所确认的那样撤回到阿迪杰河一线。然而只要看看他在同一天向部队发布的文告，他那爱好和平的伪善姿态便昭然若揭：
军人们！再也不要求你们保卫边疆了，我们必须打到敌国去！
同一天，他还任命他的弟弟吕西安为内政部长，以便把警察、国内治安和新闻检查牢牢控制在自己手里。次日，他颁令成立执政官卫队。该卫队达2,100人，由两个步兵掷弹兵营、一个轻步兵连、两个骑兵中队和一个炮兵连组成，这个卫队后来发展成为皇帝的近卫军，其原型就是他1796年在瓦莱乔侥幸脱险后所组织的那支私人卫队。
为了重整军备，必须首先恢复国家的财力，因为督政府的腐败统治和骄奢淫逸已使国库空虚，形成了信用危机。1800年1月13日，他指示外交部长塔列朗与葡萄牙政府谈判贷款事宜：
若能获得八九百万法朗的贷款，就帮了我们的大忙，……目前，我们连攻城纵列所急需的八千至一万匹挽马都提供不起。
此外，他还说：“也许我们可以从汉堡借到四百万。”3月，他派马尔蒙去阿姆斯特丹与荷兰商人商议，以当年的木材销售作抵押，借款一千二百万法朗，年利百分之十二。
拿破仑就凭这些权宣之计凑足了重整军备的款子。现在，一个把奥军从其前沿阵地逐退的宏大计划正在他的脑子里产生，那些地盘是他远征埃及期间，奥军从伦巴第和皮埃蒙特夺走的。四年前，他通过卡地波纳山隘发动闪击，从中央突破将敌劈为两半。现在，敌人已沿利古里亚亚平宁山脉重兵设防，他们可能正盼望他在战略上重施故伎。因此，这次他要求采用一个全新的，比过去更加大胆的计划。他将通过意大利军团实施机动来吸引皮埃蒙特境内奥军的注意力，而他本人则率一支新成立的“预备军团”，经瑞士过阿尔卑斯山，直取奥军的后方。与此同时，莱茵军团也将通过黑森林南折，过瑞士东部各州，切断敌军与奥地利本土的最后交通线。这的确是一个十分大胆的战略计划，含有许多复杂的后勤问题要解决。此外，还要求指挥官和部队应有十分果敢的领导。这在构思上与一年前俄将苏沃洛夫试图包围马塞纳的那个计划类似，不过那次行动以惨败而告终。为了实现这一计划必须建立一个全新的军团。
1月25日，拿破仑给他的陆军部长贝尔蒂埃下了一道命令：
我意欲组建一个预备军团由第一执政亲自指挥。它应分为三个军，每军含两个师。
这是法军首次明确地以军为建制，每军下辖两个或多个师。六周以后，拿破仑进而明令如下：
应成立一个六万人的预备军团，由第一执政直接指挥。该军团在第戎集结并在该镇二十里格(一里格约为三英里)的范国内扎营。
二月初，预备军团的组建工作在极端保密的情况下开始了。从各战区和国内各驻军，各哨所悄悄抽调的部队纷纷前往第戎和沙隆之间的索恩河谷集结，伤拂是为增援莱茵军团而准备的。
整个战略行动计划的关键在梅拉斯将军(1729-1806)，他是奥军总司令，必须把他尽可能长时间地钉死在皮埃蒙特的阵地上，以便预备军团得以从阿尔卑斯山背后对他迂回包围。这个极其重要的任务交给了马塞纳，他的意大利军团不仅装备低劣而且位置也极为不利。3月5日，第一执政写信给马塞纳：
我正在第戎集结一个预备军团并拟亲自指挥。在八至十天内，我将派一名副官携未来战役的作战计划前往你处，届时你就会发现你的任务是重要的，也是你力所能及的。在三四月间，假如我是你的话，我就要把兵力的五分之四，约四万人摆在热那亚。这样我就不伯敌人夺取热那亚了。
这段话中的数字与事实有相当大的出入。马塞纳全军仅有战斗部队三万六千人，守卫着一条长达一百八十英里的战线，能用来防守热那亚战区的兵力不会超过三万人，而他所面临的奥军则多达九万五千人。事实上，马塞纳奉命扮演的不过是一只拴着的用以引诱老虎的肥羊角色而已。它可以使这只老虎更易于落入猎人拿破仑之手。
三月间，一定有人提醒过第一执政注意这一事实：即西哀耶斯神父在新宪法中狡猾地塞进一条规定，使任何执政在战场指挥军队均为非法。因此，拿破仑在4月2日发布了一道新的执政令：
任命陆军部长贝尔蒂埃将军为预备军团总司令。卡尔诺(2)继任陆军部长。
这样，拿破仑就规避了新宪法对其军事行动的限制，并通过任命自己的亲信为名义上的司令而智胜了他的政治对手。事实证明，这次司令职务的移交是一场彻头彻尾的滑稽剧。
按照拿破仑的原定计划(该计划已于3月22日通知贝尔蒂埃)，预备军团应自日内瓦湖上溯罗纳河上游谷池，穿过圣戈塔德山口，再取道马乔列湖进入伦巴第平原(这与俄将苏沃洛夫1799年的那次行动路线正好方向相反)。然而，过了一周他就修订了这个计划，把圣戈塔德山口划给莱茵军团。
4月6日，预备军团新任司令贝尔蒂埃命令参谋长杜邦将军(3)在第戎建立预备军团司令部，他自己则前往巴塞尔与莱茵军团司令莫罗会晤，以便协调在未来的攻势作战中各自的行动。指挥莱茵军团右翼的蒙塞奉命率一个师穿越圣戈塔德山口，与米兰附近的预备军团会师。与此同时，莱茵军团的余部则入侵黑森林并在那里与克赖将军指挥的奥军交战。
4月18日，贝尔蒂埃从巴塞尔返回第戎，总揽了预备军团的指挥权。拿破仑早已在那里集结了三万二千人，组成了四个师分别由包德、沙布南、罗森和华亭指挥，而以缪拉指挥的骑兵师为核心。各部队都缺乏武器装备和运输工具并且都在成批招幕新兵以补充兵力。原来设想，预备军团兵力多达五万人，但当时却不能给这样规模的一支军队提供足够的马匹和装备。第一执政，有碍于宪法不允许他亲自指挥军队，现在简直象-位编外总军需主任通过卡尔诺向贝尔蒂埃下达一连串命令以纠正编组上的差错。
作战计划的一个要点是选择预备军团翻越阿尔卑斯山的的路线。拿破仑急于行动愈早愈好，以便收到奇袭的效果。但当时仍大雪封山，阿尔卑斯山各山口均无法通过。拿破仑本人所刻意仿效的汉尼拔曾于公元前218年九十月间越过地势较低的柯亭阿尔卑斯山，那时积雪已大部分融化。但是越过柯亭阿尔卑斯山只能威胁梅拉斯的右翼，而拿破仑的计划却是要攻击他的后方。因此，他必须在勃朗峰以东的某处越过阿尔卑斯山的主峰。这样，要使炮兵得以通过，他就只有两个山口可供选择：一个是大圣伯纳德山口(8,110英尺)，另一个是辛普朗山口(6,590英尺)，因为圣戈塔德(6,935英尺)已经划给莱茵军团的右翼了。三月间，第一执政派了一名参谋军官去侦察这两个山口。他回来汇报说，尽管辛普朗山口较低，但大圣伯纳德山口还是容易通行一些，因为该山口难行地段仅六英里左右，而辛普朗山口难行地段却长得多。于是拿破仑便决定走大圣伯纳德山口，这条路可直达都灵，而且从第戎基地出发，行军距离也较短。那位参谋军官还建议，如果把火炮装在特制的雪橇上，就有可能把这些炮都运过山口。拿破仑下令在巴黎制造十部装有滚轮的载炮雪橇，另一批则在奥松火炮工场制造。
作战的第一阶段是要把全军向南移动一百二十英里到达日内瓦湖附近一个新的集结地域。然后再由那里沿日内瓦湖北岸行军五十六英里经洛桑到远端的维尔纳夫，辎重等军需品则用船从日内瓦运往维尔纳夫。独立的日内瓦共和国已于两年前被法国强行兼并，变成了法国的莱芒行政区。同时，十三个中立的瑞士州也被占领并被合并成了法国的一个卫星国，称做黑尔维谢共和国。因此，第一执政在瑞士境内可以为所欲为。
当预备军团还在第戎集结时，第一执政的计划就被奥军采取的一个意想不到的主动行动所打乱。
4月5日，梅拉斯以六万兵力向马塞纳的意大利军团突然发动进攻，而马塞纳当时只据守着热那亚以北利古里亚亚平宁山山脊。马塞纳虽然受到两倍于己的奥军进攻，仍英勇抗击，但由于其兵力已被一分为二，其右翼(一万七千人)由苏尔特指挥，已被逐回热那亚防线以内，其左翼(一万一千人)由絮歇指挥被压向了西边的尼斯。马塞纳虽发起一连串坚决的反冲击，但仍未能突破热那亚防线，在那里，陆上有奥特将军所率的奥军；海上则有基思勋爵指挥的一个英国海军中队，因此，他始终受到严密的封锁。五月初，另一支奥军在艾尔斯尼兹的指挥下把絮歇逐过了瓦尔河并攻占了马塞纳的基地尼斯。而梅拉斯在皮埃象特仍握有一个军的预备兵力即凯门指挥的三万五千人。
这一不受欢迎的消息从热那亚前线传来使第一执政深为不安。4月24日，他给陆军部长卡尔诺下达了下述紧急指示：
意大利军团正与奥军奋力拼搏。无论是输是赢，预备军团都必须立即行动。如果我意大利军团获胜，那末奥军势必受到相当的削弱而无力抗击我预备军团；而如果我意大利军团失利，那末我预备军团进攻皮埃蒙特或伦巴第以分散敌方兵力仍然是至关重要的。……因此，我请您命令贝尔蒂埃将军：
1.将预备军团向日内瓦推进，越快越好；
2.把在日内瓦搜集的一切弹药给养由水路运往维尔纳夫；
3.以最快速度或经由大圣伯纳德山口，或经由辛普朗山口进入皮埃蒙特。
请向莫罗将军重中前令，催其进攻敌军，向他强调指出他的延误正危及共和国的安全。
同一天，他又直接命令贝尔蒂埃说：
预备军团必须立即进入意大利，而不要再等待莱茵军团。
为此，你有两个山口可供选择：圣贝纳德山口和辛普朗山口。……在意大利，你所拥有的四万人将的向无敌。
对此，贝尔蒂埃颇为哀怨地复信说：
我是在考虑由圣伯纳德或辛普朗采取行动。我应为马塞纳牺牲一切。如果我有足够的弹药和雪橇，我现在早已进入山地了。……我将在没有一发子弹的情况下与敌交战。……我的雪橇一直在大后方。因此，如果有敌来袭，我只能把部队调到日内瓦湖上或撤到瓦莱，但这就谈不上与敌交战。……我已竭尽全力适应局势的要求。做容易做的事情是无需声张的，但我要做的是不可能做到的事情。……你以为我有四万人，而实际上我最多只有两万五千人。……辛普朗对炮兵来说是无法通过的。
4月27日，杜邦向卡尔诺报告说三师人马正强行军向日内瓦和洛桑运动。他补充道：“我们甚为忧虑的是炮兵力量单薄，而且几乎没有什么弹药。我们的运输工具也几乎等于零。”三天之后，仍在第戎的贝尔蒂埃致信拿破仑，对卡尔诺颇为不满：
尽管我一再催促，粮草至今未到。陆军部长为何不采取必要措施？他为何取消我已签署的安排？的确，当我努力预测一切并组织各方面的勤务时，别人是不会高兴的。
拿破仑此时正倾全力为预备军团物色他所信赖的指挥官。他指派他过去的副官马尔蒙上校以准将衔指挥该军团炮兵，缪拉将军指挥骑兵，缪拉四个月前已与拿破仑的妹妹卡罗列娜成婚。骑兵的状况也非常恶劣。5月1日，缪拉向他的妻兄报告说：
昨天我视察了骑兵第七团，我发现该团的现状实在可怜，既无武器，又无马匹，团里的仓库空空如也。全团都是新兵，能够上战场的不过一百四十人，而且没有被服和装备。
5月3日，贝尔蒂埃把他的司令部从第戎移到了日内瓦。他的四个师已经开拔。现在他又组编了第五师，由沙门巴克指挥。5月4日，拿破仑给贝尔蒂埃送去一份令人十分沮丧的通报：
如果马塞纳被迫在热那亚投降，那末梅拉斯将军仅需八天时间就可以从热那亚赶到奥斯塔(全程二百五十公里)。他只要率两万人先于你到达，那么就阻止你进入意大利而言，他将处于一种极为有利的地位。
贝尔蒂埃四天后回函说：
我虽困难重重，但将尽力克服之。如果雪橇送达，我将尝试在5月10日和11日夜间越过圣伯纳德山口。那里仍有大量积雪，雪崩也时有发生，只有夜晚和正午时分通过才不致发生太大危险。……军医尚未到达，我们连一套外科手术设备都没有，一切都落后于计划。
5月5日，拿被仑命令莫罗从莱茵军团抽调一支二万五千人的纵队越过圣戈塔德和辛普朗山口去增援预备军团。次日，第一执政离开巴黎并于5月9日到达日内瓦。
此时，马塞纳在热那亚的局势日益危急。4月24日，他派法兰西斯基少校偷越英国海军封锁线向拿破仑求救。法兰西斯基于5月5日到达巴黎，并向第一执政呈交了马塞纳的急件。拿破仑交法兰西斯基带回的复信如下：
预备军团正在急行军，我本人定于今夜启程。我希望你尽可能坚守，至少要坚持到5月30日。
当拿破仑于5月9日抵达日内瓦时，领先的华亭师已到达索恩河上游的圣毛里斯；包德、罗森和沙门巴克三个师正沿日内瓦湖北面前进；而第五个师(沙布南师)则奉命从日内瓦经阿纳西和尚贝里南行，然后经小圣伯纳德山口(7,175英尺)，翻越勃朗峰以南的阿尔卑斯山。拿破仑现在指示贝尔蒂埃派拉纳指挥前卫部队，并将其余四个师编为两个军，分别由迪埃斯梅和维克托任军长。
5月12日，拿破仑由日内瓦进抵洛桑。在那里，他收到了马塞纳于4月29日写给他的最后一封信，那是越过敌军防线偷送过来的：
请看在上帝的份上救救我！守城陆海两面均受封锁。……我只有三十天的口粮。
5月14日，拿破仑复信说：
我到洛桑两天。全军正在急进。……你处境艰险；但令我放心的是有你在热那亚，此时此刻，你一个人可顶二万人。
这也是马塞纳所收到的最后一封回信，该信到达他手中时已是5月27日，一周后，马塞纳的存粮全部吃完，结果被迫投降。
5月14日，拉纳(以华亭师为前锋)的前卫部队到达了海拔5,360英尺的圣皮埃尔的布尔格，这是该山口脚下最后一个有人居住的村落。有轮的车辆已无法行进，但有一条崎岖的骡马小径，宽十八英寸，上行八英里便可抵达科尔(8,100英尺)的修道院寓所。步兵和骑兵可以成单行循此小径而上，弹药可用骡马运送，但火炮却上不去，因为事实证明特制的雪橇完全不适用。幸亏当地农民前来相助，教法国炮兵如何把火炮运过隘道。他们把松树干纵向地踞成两半，并截成5英尺长一根，再把当中掏空成槽，将炮管装进槽内，炮口朝后。然后用六十人拖拽系在炮尾环上的绳索，由一名炮手用木杠塞在炮口里，在后面把握方向。华亭师就是用这种方法在天黑前把十门炮中的六门运到了山隘的顶端。法军在修道院寓所休息了几个小时，受到了修士们的热情款待。5月15日凌晨二时，部队下山进入意大利。当到达山谷下面的艾陶布尔斯后，他们再把炮管取出来重新装在炮车上，那些车辆是用骡马驮运过来的。
截至5月17日止，贝尔蒂埃已成功地把一万五千名步兵和一千名骑兵运过了山口，沙布南师毫无困难地通过了小圣伯纳德山口也到达了奥斯塔。拿破仑本人于5月16日离开洛桑，在20日清晨越过了大圣伯纳德山口，不过不是达维德(4)所描绘的跨着一匹骠悍的战马，而是骑着一头骡子，由当地一位向导牵着。
至此，法军实际上并没有遇到任何抵抗。拉纳率前卫从奥斯塔向夏蒂荣迅疾推进，直下多拉·巴蒂亚河谷。在途中还俘虏了三百名奥军和两门四磅炮。可是到了5月18日，这支前卫部队却遇到了比圣伯纳德山口要艰巨得多的一道障碍----巴尔德堡。
从奥斯塔沿小河下行三十英里，有一个当纳兹村，多拉·巴蒂亚河在该衬正北流进了一道狭窄陡峭的峡谷，陕谷里水流湍急，巴尔德堡就耸立在左岸一块隆起的三面临水的岩石之上，在直射距离内控制着道路。贝尔蒂埃在5月19日曾亲自侦察过该堡，并向拿破仑呈交了下述报告：
我于今日察看了巴尔德堡，它的确是一大障碍。它耸峙在一块难以接近的岩石之上，有两道围墙，两层炮台，下层有火炮十二门，上层有五门。通过巴尔德村的道路一边是陡峭的悬岩，另一边是难以徒涉的小河。它被三座吊桥所截断，完全位于该堡炮火的控制之下。我们虽能把一些步兵送过去，但要想让大炮通过，就必须夺取该堡。
华亭师设法循山上一个骡马小径而上，绕过了那个堡垒，但火炮却无法通过。该师在没有炮兵的情况下继续推进，并于5月22日夺取了重镇伊夫雷亚，俘敌三百并缴获十四门火炮。法军尽管以他们当时所能携带过来的十一门炮，对该堡昼夜不停地进行轰击，但直到6月1日攻破防护墙，四百名守军才最后投降。由于巴尔德堡里的奥军负隅顽抗，以致预备军团的炮兵阻滞于此达两周之久，仅有六门炮例外，这六门炮是采取消声措施利用夜幕偷偷运过去的。
第一执政一直跟随着预备军团前进，并一路督促着弹药和给养的运输。到达奥斯塔后，他置宪法有关禁止执政指挥军队的条款而不顾，亲自指挥作战，但贝尔蒂埃仍为名义上的总司令，只不过把拿破仑的命令再传达给他的参谋长杜邦而已。5月25日，拉纳奉命率前卫往南向齐瓦索推进。齐瓦索在波河边，位于都灵东北十五英里处。据报梅拉斯正在那里集结兵力。其余的法军则以缪拉的骑兵和迪埃斯梅军为先导折向东南，朝韦尔切利推进。
5月26日黄昏，拿破仑抵达伊夫雷亚，他肃清了阿尔卑斯山地区之敌，皮埃蒙特平原即展现在他的面前。如果他果真想去援救被困守在热那亚的马塞纳，那么现在他倒有机会作此尝试。热那亚位于正南一百二十英里处，仅八天的行程，如果没有敌人干扰，5月3O日即可以到达热那亚，这正是他叫马塞纳坚守的最后日子。预备军团现有兵力四万，比梅拉斯广为散布的各部兵力中的任何一支都强大。但眼前另有一桌伸手可及的美味佳肴更具吸引力，那就是伦巴第的首都和梅拉斯军队的前进基地----米兰。米兰位于伊夫雷亚之东七十英里处，实际上毫无防御。马塞纳是可以牺牲的。
第一执政没去理会在都灵的梅拉斯，而是率领大军经诺瓦拉东进，直扑米兰。缪拉的骑兵和迪埃斯梅军于6月1日强渡提契诺河，把弗卡索维奇率领的一个师的奥军赶到了东边的贝加莫。6月2日，现在担任右侧卫的拉纳没有遇到任何抵抗就通过摩塔拉抵达帕维亚，他从那里向第一执政送去了下述报告：
敌人仍封锁着热那亚，并不断进行炮击。如果你打算向该城进军，则需火速行动，不容迟缓。据我所知，该城已很难坚持下去了。
这个情报是千真万确的，但第一执政却置若罔闻。当晚，他抵达米兰，在那里他一直待了七天。
拿破仑晚年在圣赫勒拿岛时，曾就其东进米兰而不南去解热那亚之围，作过极为详尽的解释。在其回忆录中，他对自己当时所面临的三种抉择是这样记叙的：
1.他应当进军都灵并攻击梅拉斯以便与已经越过塞尼山口推进到苏沙的蒂劳师会合吗？这可以使预备军团打通一条取道格勒诺布尔和布里昂松通往法国的新交通线。
2.他应当在齐瓦索渡过波河并进而援救热那亚吗？
3.他应当把梅拉斯甩在后头，渡过提契诺河而直取米兰，以便与已经越过圣戈塔德山口的莱茵军团蒙塞军的一万五千人会合吗？
拿破仑的回答是这样的：
关于第一方案：如果这样做就会违反真正的作战原则，因为梅拉斯尚拥有可观的兵力，法军当时还未攻占巴尔德堡，没有可靠的退路，在这种情况下作战实属冒险。
关于第二方案：这样做也太冒险。在波河与热那亚之间的法军，其交通线和退却线都会暴露在一支强大的奥军面前。
第三方案最为有利。一旦占领米兰，法军就可以夺取奥军所有的补给基地和医院。与蒙塞会合后，还可以确保辛普朗山口和圣戈塔德山口这两条安全退路。
要对拿破仑这样的战争艺术大师的战略决定进行批评未免有点冒昧，但他的决定也不是不可以讨论的。当拿破仑5月26日抵达伊夫雷亚而梅拉斯的兵力尚未收拢时，预备军团也许不应在齐瓦索渡过波河，因为那里离都灵太近，而应在比较安全的卡萨列或瓦兰察渡河，并在梅拉斯或艾斯尼兹得以驰援之前，就击败围攻热那亚的奥特军。至于攻占米兰以及最后攻占皮亚琴察，则可以留给蒙塞军去干，该军当时正在翻越圣戈塔德山口。可是，拿破仑却选择了牺牲马塞纳去赢得这一战役的第三方案，况且这一方案在很大程度上还要靠运气。
起初，梅拉斯还以为预备军团不过是一个六七千人的军。可是当他发现后方的威胁比他所想象的要严重得多时，他便努力把其分散的部队集中到亚历山大里亚地区。29日，他进抵阿斯蒂，随后又进抵亚历山大里亚，并命令奥特解除对热那亚的围攻，北上沃格拉以确保皮亚琴察的波河渡口。
拿破仑在米兰立足之后，就想夺取位于瓦兰察和皮亚琴察之间的波河渡口以便切断奥军所有可能的退路。在帕维亚率领华亭师的拉纳奉命于6月4日渡过波河，并夺取斯特拉代拉；在皮亚琴察率领包德师的缪拉奉命就地渡过波河，然后西进以支援拉纳。此时，还组建了一个新师由加尔达内指挥。6月7日，拉纳和缪拉均渡过波河，只遇到了轻微的抵抗。拉纳还占领了重要的斯特拉代拉交叉路口。次日，拉纳奉命向西南方向通往亚历山大里亚途中的沃格纳推进。8月9日清晨，拉纳的法军前卫华亭师与奥特军的前卫遭遇，奥特是于6月5日离开热那亚，并奉梅拉斯之命夺取皮亚琴察处的波河渡口的。维克托率沙门巴克师前去支援拉纳，结果在卡斯特吉奥发生了一场持续九小时的激战。奥军大败并被逐回小村芒泰贝洛，丢下六门火炮，伤亡二干人，被俘者五千人。法军则伤亡五百人。
6月10日，拿破仑和贝尔蒂埃渡过波河，并在斯特拉代拉建立了军团司令部。次日，拿破仑着眼于即将在托尔托纳地区进行会战而再次整编了他的部队。此时，德塞将军已从埃及回国并加入了预备军团。德塞是一位能征惯战的将军，1798年在上尼罗河谷战役中，他积极主动，战绩辉煌。这次，拿破仑把由包德师和莫尼尔师组成的一个军(八千九百人)交给他指挥。维克托军(九千人)由沙门巴克师和加尔达内师组成。而拉纳军(五千一百人)还是华亭那个师。这三个军(二万三千步兵)加上缪拉指挥的四个骑兵旅(共三千七百人)，构成了拿破仑在波河南岸的打击力量。迪埃斯梅军(一万一千六百人)和蒙塞军(九千九百人)则布置在波河北岸保护法军的交通线。
6月11日，拿破仑把他的打击力量二万七千人集中在沃格拉附近。沃格拉位于托尔托纳东北十英里处，是一座担任护桥任务的小要塞。沃格拉至亚历山大里亚的道路就是通过这座桥梁越过斯克里维亚河的。由于暴雨成灾，此时河水横溢。拿破仑认为奥军将会扼守该河，所以断定将在那里进行决战。因此，第二天，他下令以五英里宽的正面继续向斯克里维亚河前进。拉纳军在右，指向卡斯特洛诺；维克托军在左，指向托尔托纳；德塞军在蓬特库隆作预备队。每一个军都配属一个缪拉师的骑兵旅。蒙塞军的拉普师奉命从帕维亚进抵波河南岸，并加入德塞的预备队。军团司令部则从斯持拉代拉转移到卡斯特吉奥，接着又进至沃格拉。
6月12日，大军进抵斯克里维亚河，未遇任何抵抗。于是次日继续向亚历山大里亚推进。拿破仑对于奥军的撤退深感困惑，他推断梅拉斯正在有意跟他兜圈子，以诱敌上钩，奥军或者将从瓦兰察渡过波河，或者将往南退至热那亚。不过，他认为后一种可能性更大。所以，中午他把德塞的预备队一分为二，莫尼尔师被派往拉纳军充实拉纳的预备队，而令德塞率包德师前往托尔托纳以南十二英里的塞拉伐里，封锁亚历山大里亚至热那亚的道路。与此同时，拉纳军和维克托军继续向博尔米达河蜿蜒曲折的河谷西进，目前这条河阻塞了通往亚历山大里亚的接近路。在亚历山大里亚东南两英里半处，有一个小村叫马伦哥，维克托军的前卫加尔达内师在那里受到了奥军一支后卫部队的拦阻。经过一场激战，奥军丢下了两门大炮和几百名战俘，于下午6时向亚历山大里亚逃遁。当晚，拉纳军和维克托军在卡斯特尔切利奥洛与马伦哥之间两英里宽的正面上宿营。拿破仑从沃格拉骑马来前线侦察，黄昏时分，他派了一名参谋去看看博尔米达河上的桥梁是否完好。这位军官谎报说该桥已遭破坏，这就使第一执政更加深信梅拉斯正在撤离亚历山大里亚。于是，他返回马伦哥以东七英里处的托雷第加诺伐利过夜。
6月13日黄昏，当拿破仑期待着一场决定性的会战的到来时，他在斯克里维亚河与博尔米达河之间的马伦哥平原上已集结了维克托和拉纳的两个军(一万七千七百入)和缪拉的三千七百名骑兵。拉普师和第一执政的近卫军(共四千三百人)则留在蓬特库隆作预备队。所以，其总兵力为二万五千七百人，因为前一天他已将德塞所率的包德师(五千三百人)派往热那亚方向执行封锁道路的任务去了。
他对予敌方的实力和意图仍一无所有知。实际上奥军总司令已决定强行东进以便在皮亚琴察渡过波河。为此，他早已命令奥特军从热那亚向皮亚琴察运动，但这一企图已于6月9日被拉纳在卡斯特吉奥-芒泰贝洛所取得的胜利所挫败。梅拉斯现打算以其集中的全部兵力突破法军封锁，其兵力计有步兵二万三千三百人，骑兵五千二百人，因为，为阻截马塞纳和絮歇，他已往阿奎方向派去了一个骑兵旅(二千三百人)。所以，单就可动用的兵力而言，法奥双方基本上是势均力敌的。
也许除了滑铁卢之外，马伦哥之战比历史上任何其他战役所引起的传说都多。法国官方在6月15日所发表的公报和拿破仑本人的回忆录都同样会使人误入歧途，因此人们只好根据其他官方材料对事件的始末加以综述。
那天夜晚平安无事，所以拿破仑仍深信梅拉斯已经向北或者向南溜走。
14日清晨，他命令在蓬特库隆作预备队的拉普师北渡波河，然后往西朝瓦兰察方向搜索。里伐德的骑兵旅也被派往位于沙里的右翼。同时，他还派人去通知德塞往西朝波佐罗-弗米加诺方向派出一支搜索队以探明敌人的行踪，德塞已于日前被派往罗维。这些命令刚一发出，会战就在上午九时左右突然爆发，奥军越过博尔米达桥出其不意地大举进攻。与拿破仑收到的报告正好相反，河上那座桥不但没有被破坏，而且另外还有两座浮桥通向一座严密设防的桥头阵地。从这里，三支强大的奥军直扑拉纳和维克托所据守的前哨阵地。一场殊死的战斗随即展开。经过两小时的激战，加尔达内师被逐出了马伦哥。维克托派沙门巴克师前往增援，但法军仍不能收复失去的阵地。位于右翼的华亭师也被逐出了卡斯特尔切利奥洛。上午11时，拿破仑以其唯一可动用的预备队莫尼尔师支援华亭师，因为拉普师已被他派到波河彼岸去了。他派一名副官去召回拉普，但是命令一直到傍晚才送到。莫尼尔师虽一度夺回了卡斯特尔切利奥洛，但最后还是被逐出。此时此刻形势极为严重：拉纳军和维克托军伤亡都很大，弹药也消耗殆尽；更为严重的是法军仅有十五门炮参战，而奥军却有近百门炮；由于炮兵远居劣势，法军的这两个军不得不且战且退；在三个骑兵旅反冲击的掩护下，他们一直退到四英里半外的圣吉利亚诺村。
拿破仑和他的参谋们，这时骑马赶到了圣吉利亚诺，但由于已无预备队可用，会战看来败局已定。当天早些时候，在他意识到他正受到梅拉斯全部兵力的攻击时，他曾派副官布鲁耶尔斯到十二英里之外的塞拉伐里去传令德塞火速赶回圣吉利亚诺。下午5时，正当千钧一发之际，德塞率包德师赶到了。拿破仑、贝尔蒂埃和德塞匆匆在马背上紧急会商。德塞说，他在反攻之前必须有强有力的炮火准备，他带来了包德师炮兵的八门炮，加上马尔蒙仍在战场上使用的十门炮，共十八门炮，以此对胜利中的奥军纵队用霰弹实施近距离急袭。包德把他的两个步兵旅部署在亚历山大里亚道路的两侧，而德塞则身先士卒领导反冲击，但不幸重伤身亡。拿破会命令克勒曼(5)支援反冲击，当时克勒曼的骑兵旅仅剩下四百人，另外再加上第一执政近卫军的两个骑兵连，克勒曼挥鞭向业已动摇的奥军纵队的左翼冲击，在通往卡西纳格罗萨方向杀开了一条血路。这个步、骑、炮三兵种的联合反攻似乎摧垮了奥军的士气。奥军惊慌失措，向桥头阵地仓皇撤退，纷纷夺路过河，人马乱成一团。当晚，法军在他们前一夜所据守的卡斯特尔切利奥洛至马伦哥一线宿营。
这一仗，双方的损失都很惨重。法军伤亡五千八百三十五人，而奥军则高达九千四百人，占梅拉斯全部兵力的三分之一。次日上午，梅拉斯派人持停战旗前往法军阵地请求休战。15日傍晚，贝尔蒂埃和梅拉斯签订了亚历山大里亚停战协定。双方同意在最后和约签订之前停止在意大利境内的一切敌对行动。同时，奥军应不迟于6月26日撤至波河以北和明乔河以东地区。为了隔离法奥双方的军队还应在齐斯河与明乔河之间划一个非军事区。
从预备军团的前卫越过大圣伯纳德山口算起恰好过了一个月。意大利境内的战事现已结束。第一执政在国内战线还有更重要的事情要亲自处理。他把预备军团并入意大利军团，并全部交给马塞纳统率，他自己则于6月25日启程返回巴黎。
对于拿破仑翻过阿尔卑斯山从背后攻击意大利北部的奥军这一大胆的战略构想，人们是佩服的，但是在实施这一构想的过程中却出现了许多失误。这些失误有军事行政方面的，也有战略战术方面的，如同俄将苏沃洛夫一年前在类似尝试中所遇到的一样，几乎以失败而告终。说实在的，要不是在马伦哥会战高潮时交了一点好运，他必输无疑。
自1799年11月雾月政变拿破仑成为第一执政后，他既要统率法国的陆、海军，又要治理一个拥有三千万人口且处于混乱之中的国家。当时，国库空虚，武库里的武器、弹药及装备库存也消耗殆尽。军队因在意大利战场屡遭失败而士气低落。尽管拿破仑接过的是一副烂摊子，但他不仅在莱茵河一线维持了一个十万人的军团，在阿尔卑斯山的滨海地区维持一个五万人的军团，而且还在四个月内为其大胆的计划创建一个全新的预备军团。所以，无怪乎这支大军越过阿尔卑斯山时，武器弹药匮乏，步兵和骑兵都未达到编制人数。拿破仑在贝尔蒂埃的协助下曾作出了巨大的努力，并且取得了如贝尔蒂埃所声称的“不可能取得的成就”。
然而，翻越阿尔卑斯山的具体行动却没有精细地加以计划，对于实际困难也往往估计不足。拿破仑最初的意图是要部队翻越斯普流根山口和戈塔德山口来一个大迂回。直到4月初，梅拉斯进攻利古里亚亚平宁山区的马塞纳部时，立即取近道进兵才变得紧迫起来。于是，拿破仑命令贝尔蒂埃翻越辛普朗山口和大圣伯纳德山口。而最后，圣戈塔德山口和辛普朗山口却又都划给了莱茵军团的分遣部队。阿尔卑斯山各山口的预先侦察工作指定一名尉官负责，该尉官的任务实际上完成得很出色，但是对于炮兵翻山时的运输问题却欠考虑，而拿破仑所特制的运炮雪橇又证明毫无用处。要不是圣皮埃尔布尔格的伐木者帮忙，法军的火炮恐怕永远也运不过去。
进军过程中的第二大障碍是巴尔德堡，那里出现的抵抗是事先不曾料到的。由于缺乏中型火炮对付它，致使该堡阻滞全军达十四天之久。
当拿破仑5月26日终于抵达伊夫雷亚时，尽管马塞纳部已濒于饥饿的边缘，但拿破仑却仍完全放弃南下热那亚援救马塞纳的原定计划，调头东进，攻占米兰，并在那里逗留了一个星期。然而，他满可以把占领米兰的任务交给蒙塞军，因为该军当时正在通过圣戈塔德山口。拿破仑本人则应进军都灵，击败梅拉斯，因为后者在都灵仅有凯姆和哈迪克两个师共八千六百人，其他奥军师或在一百三十英里外的尼斯与苏尔特交战，或在一百一十五英里外的热那亚围攻马塞纳。作为另一种选择，拿破仑也可以放心地置都灵的梅拉斯于不顾，而南下解热那亚之围。但拿破仑对于马塞纳全军的命运却漠不关心，在米兰整整待了一周，他一心只想占领帕维亚和克雷莫纳之间的波河渡口以切断梅拉斯得以逃回曼图亚的一切退路。这固然是一个明智的预防措施，但如果用当时在米兰地区的蒙塞军(七千七百人)，代替迪埃斯梅军去实现这个目的，也可以收到同样好的效果。结果，拿破仑在马伦哥最后与敌遭遇时，身边连一个战术预备队都没有。如果不派迪埃斯梅军去担负这种次要任务，拿破仑在会战当天本来有两师预备队(查博兰师三千四百人，洛伊森师五千三百人)可动用。
会战前一天，拿破仑根据他对梅拉斯意图的妄自猜测，居然轻率到这种地步，以致把他最有才干的军长德塞以及战斗力最强的师之一(五千三百人)派往南方去作徒劳无益的搜索，而在会战当天，他又派拉普师(三千五百人)作反方向搜索，以致当天中午，在会战的关键时刻，他身边已无任何预备队可动用。要不是德塞在这千钧一发之际及时赶到，他是注定要失败的。
在马伦哥，法军不仅缺乏步兵预备队，同时也缺少炮兵支援。在包德师下午5时赶到之前，马尔蒙只有十五门炮可投入战场用于支援四个步兵师。当时，这四个师正受到压倒优势的炮火攻击。这种缺乏炮兵支援的状况似乎很难原谅。因为法军在米兰、帕维亚、皮亚琴察等地的军火库中曾缴获了大量火炮。
法军有四个骑兵旅，另外缪拉手中还有一个预备旅，总的说也使用得不甚得法。缪拉给每个步兵军都配属了一个骑兵旅，但他们参加步兵会战收效甚微。直到最后，克勒曼在卡西纳克罗萨附近英勇冲杀时，才给德塞发动反冲击助了一臂之力，给敌以致命打击。6月13日法军官方是这样记述的：
法军所有的轻骑兵都奉命去搜索平原，步兵随后跟进，但仅仅是为了探明敌方的意图而已，并没想到要在马伦哥平原打一场恶战。
这些侦察完全是徒劳无功的。拿破仑如果派骑兵旅分别代替包德师和拉普师去塞拉法尔和波河北岸，其结果也许会更好些。
如果不是对拿破仑的情报工作的无能深感震惊，人们是不会去研究马伦哥会战的始未的。对于奥军的位置、兵力和奥军指挥官的意图，拿破仑似乎从未能作出正确的估计，尽管事实上他是在一个四年前即已被法军占领的国家作战。据奥国的资料宣称，拿破仑曾受奥军参谋长查赫所安插的一名双重间谍的欺骗。查赫诱使拿破仑相信梅拉斯正准备在瓦兰察和卡萨列处渡过波河以便在帕维亚迂回包抄法军。这也就是6月14日拿破仑派拉普师渡过波河并把里伐德的骑兵旅派往萨勒的原因之所在。当马塞纳于6月4日在热那亚最后投降时，拿破仑一直到8日才听到这个消息，而且也仅仅是从梅拉斯上呈维也纳的一个战报中获悉的，该战报在皮亚琴察为缪拉所截获。
人们可以推断，拿破仑在马伦哥战投中一定吸取了许多有益的教训，因为在其后的战役中我们再也没有发现他在没有相当的步兵和骑兵预备队的情况下与敌交战。在后来的战役中，他广泛地使用轻骑兵担负搜索工作，而保留重骑兵供集中突击之用。同时，他还十分留意组织一个有效的情报机构。
第一执政是幸运的，因为其对手是七十一岁高龄，毫无生气的梅拉斯。如果是一位较之强硬和敏捷的对手，那么对拿破仑所犯错误的惩罚就要比这严厉得多了。
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